Record Details

BIOINFORMATIKA SEBAGAI METODE AWAL ANALISIS PREKURSOR PEPTIDOGLIKAN ENDOPEPTIDASE PADA MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS

e-Prosiding SNasTekS

View Archive Info
 
 
Field Value
 
Title BIOINFORMATIKA SEBAGAI METODE AWAL ANALISIS PREKURSOR PEPTIDOGLIKAN ENDOPEPTIDASE PADA MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS
 
Creator Pertiwi Koentjoro, Maharani
Nugroho Prasetyo, Endry
 
Description Mycobacterium tuberculosis memiliki selubung membran sel yang berperan penting dalam proses patologis, yaitu plasma membran, dinding, dan kapsul. Peptidoglikan (PG) menjadi salah satu komponen dinding sel yang secara khusus berfungsi dalam pembentukan struktur dan perlindungan osmotik sel, sehingga menjadi target obat antibakteri. Antibiotik β–laktam, seperti penisilin, menghambat biosintesis PG yang menimbulkan kematian sel. Pembentukan PG diatur oleh serangkaian gen penyandi protein ripA dan ripB. Penelitian ini bertujuan mengaplikasikan teknik bioinformatika berbasis DNA molekuler untuk merancang primer yang mampu mendeteksi dan mengkarakterisasi gen ripA M. tuberculosis. Tahapan penelitian dimulai dari tahap 1, yaitu koleksi isolatM. tuberculosis H37rv,  ekstraksi total genom melalui metode CTAB. Tahap 2 yaitu desain dan analisis primer, amplifikasi fragmen DNA, deteksi produk PCR, sekuensing nukleotida dan karakterisasi gen ripA dengan program MEGA5. Desain primer gen ripA dilakukan menggunakan database dari National Center for Biotechnology Information (NCBI) dan program primer–BLAST. Analisis data secara deskriptif dengan melihat hasil dari proses ekstraksi DNA, amplifikasi DNA, elektroforesis, sekuensing DNA, penyejajaran sekuens (sequence alignment) untuk menentukan analisis filogenetik. Gen ripA yang diperoleh memiliki panjang amplifikasi 912 bp. Analisis BLAST menunjukkan 100% gen berasal dari M. tuberculosis. Hasil analisis menunjukkan bahwa bioinformatika menjadi salah satu metode dalam mengelola dan menganalisis informasi biologis (sekuens DNA dan asam amino) dari M. tuberculosis. Primer spesifik yang dirancang dalam penelitian ini diharapkan efisien untuk digunakan sebagai marka deteksi dengan PCR.
 
Publisher e-Prosiding SNasTekS
 
Date 2020-05-30
 
Type info:eu-repo/semantics/article
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
Peer-reviewed Article
 
Format application/pdf
 
Identifier https://journal.unusida.ac.id/index.php/snts/article/view/73
 
Source e-Prosiding SNasTekS; Vol. 1 No. 1 (2019): e-Prosiding SNasTekS ; 41-50
 
Language eng
 
Relation https://journal.unusida.ac.id/index.php/snts/article/view/73/58